Episodios 17-21.

En japonés, "mushi" ｢虫」o「蟲」significa "insecto" o "bicho".Sin embargo, en la serie no son plantas ni animales sino que seres vivos similares a microorganismos y hongos, siendo de varias formas y dimensiones. Debido a su forma etérea, su existencia y apariencia son desconocidas para la mayoría de los humanos, excepto para un reducido número que pueden verlos e interactuar con ellos. A veces, los mismos mushis habitan en los seres humanos como parásitos, entregando a cambio habilidades extraordinarias al huésped.

Ginko (ギンコ), el personaje principal, es un experto en Mushi. Él es un maestro de Mushi (蟲師 "mushi-shi), que viaja para investigar y conocer más a estos seres. En el camino, ayudará a gente que tiene problemas con ciertos sucesos paranormales relacionados con los Mushi. Ginko toma generalmente, a modo de pago, objetos relacionados con los casos de Mushi que ha resuelto. Estos objetos son luego vendidos a coleccionistas. La historia se desenvuelve entre la era Edo, la era del aislamento, y Meiji, era en la que se moderniza Japón, así que tal vez por ese motivo Ginko tiene ropa diferente.

La serie es una antología episódica en la cual los únicos elementos comunes entre episodios son Ginko y los varios tipos de Mushi. Además en el año 2006 el director Katsuhiro Otomo, dirigió una película de imagen real basada en la historia de Ginko.